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【ナナシの章】エト・カ・リファとの戦いの後、故郷を復興するための旅を続ける絶とナナシ。だがそれとは別に、ナナシにはナルカナから託された使命があった。『叢雲』の欠片を回収し、『旅団』のメンバーが失ったエターナルたちの記憶を呼び覚ますこと。『叢雲』の欠片に触れればナナシは本来の力を、絶は親友であったノゾムたちの記憶を取り戻すことができるのだ。失った「力」と「絆」を取り戻すため、2人の戦いが始まろうとしていた。【タリアの章】時間樹の危機は去ったとはいえ、世界の混乱に乗じて不穏な動きも起きていた。『旅団』はその解決にあたっており、タリアは故郷の世界に帰ることもなく積極的に作戦に参加していた。その側にはすっかり腐れ縁のソルラスカ。問題も一段落して、様子を見るためソルラスカの故郷に向かう2人。そこに思いかけず現れた仲間…ナナシと永峰希美から、『叢雲』の欠片について知らされることとなる。【聖レーメの章】『叢雲』と契約を交わすことでエターナルとなり、神剣宇宙を旅することになったノゾムたち。彼らの目的は、神剣宇宙を蝕みつつあるナルの回収、ノゾム自身のナル化マナの解除など…問題は山積だった。ノゾムの神獣である聖レーメもまた、ナル化による侵食のため苦しんでいた。そして新たに立ち寄った分枝世界で事件が起こる。